Ks. Mieczysław Kozłowski CM wrócił na placówkę do Warszawy 10 czerwca 1993 r. jako nowo mianowany proboszcz Parafii Świętego Krzyża i superior domu Zgromadzenia. 4 października 1993 r. Józef kardynał Glemp, Prymas Polski powołał go na stanowisko przewodniczącego Redakcji Mszy Świętej Radiowej. Do 23 czerwca 2002 r. ks. Mieczysław Kozłowski był także wicedziekanem dekanatu świętokrzyskiego.
Powrót ks. Mieczysława do Warszawy został entuzjastycznie przyjęty przez parafian, którym dał się poznać parę lat wcześniej jako duszpasterz młodzieży. W charyzmatycznym młodym proboszczu pokładano nadzieje związane z rozszerzeniem aktywności parafialnych.
Parafianie nie muszą długo czekać, by przekonać się o skuteczności działania ks. Mieczysława.
W 1994 r. po raz pierwszy po II wojnie światowej Traktem Królewskim przejdzie procesja
w uroczystość Bożego Ciała. Ks. Mieczysław aktywnie włącza się w jej zorganizowanie. Procesja wyrusza z kościoła Świętego Krzyża do katedry św. Jana prowadzona przez Jego Eminencję
ks. kardynała Józefa Glempa.
Na wiosnę 1995 r. ks. Mieczysław poparł pomysł i udzielił finansowej pomocy misji ks. Czesława Żaka CM uczczenia Matki Bożej od Cudownego Medalika na ukraińskiej Bukowinie i na Białorusi. Celem wyprawy misyjnej było przeprowadzenie rekolekcji z duchowym pożytkiem dla wszystkich stanów: dzieci, młodzieży, rodziców i starszych oraz założenie i zainaugurowanie Nieustannej Nowenny do Matki Bożej od Cudownego Medalika.
W dniach od 20 do 27 października 1996 r. odbyły się uroczystości jubileuszowe 300-lecia konsekracji kościoła Świętego Krzyża w Warszawie. Ks. Mieczysław zorganizował w tym czasie różne spotkania, koncerty i wykłady.
Swoje 25-lecie kapłaństwa ks. Mieczysław uczcił 28 maja 2000 r. uroczystą mszą świętą. Koncelebrze z udziałem ponad 20 księży przewodniczył sam jubilat, a kazanie wygłosił
ks. Władysław Bomba CM.
Rok 2001 był czasem remontów w kościele św. Krzyża, które prężnie realizowano pod czujnym okiem ks. Mieczysława. Została wykonana renowacja elewacji frontowej kościoła, wież i schodów głównych wraz z ich elementami rzeźbiarskimi. Zrobiono nowe schody od strony ul. Traugutta wraz z podjazdem dla osób niepełnosprawnych oraz wiele wiele innych prac, które zostały opisane w Roczniku Świętokrzyskim nr 2001/2.
W roku 2001 był również obchodzony jubileusz 350-lecia przybycia do Polski księży misjonarzy, którzy podjęli pracę w kościele Świętego Krzyża. Objąwszy opieką tę zabytkową i jedną z najważniejszych dla historii Kościoła w Polsce świątynię, ks. Mieczysław jako proboszcz podjął starania o podniesienie jej do godności bazyliki mniejszej. Obchodzony wówczas jubileusz 350-lecia obecności w Polsce księży misjonarzy św. Wincentego a Paulo, którzy od początku związani są z tym miejscem, był dodatkową motywacją do podjęcia takich starań. Przy bezpośrednim udziale ks. Mieczysława zostały zebrane z wielką pieczołowitością niezbędne dokumenty historyczne i techniczne, a także te, związane z duchową sferą działania duszpasterskiego posługi misyjnej kościoła św. Krzyża w Warszawie. Materiały te stanowiły podstawę do wystąpienia do Stolicy Apostolskiej z prośbą o wyniesienie przez Ojca Świętego tego kościoła do rangi bazyliki mniejszej. Kongregacja Kultu Bożego i Dyscypliny Sakramentów przyznała tę godność stołecznemu kościołowi 21 stycznia 2002 r. Papież Jan Paweł II, uznając tę świątynię jako żywy symbol wiary w Boga i miłości do Ojczyzny oraz w poszanowaniu tradycji i aktualnego znaczenia świętokrzyskiej świątyni na warszawskim Starym Mieście, podpisał dokument podnoszący kościół Świętego Krzyża do godności bazyliki mniejszej.
