Ks. Mieczysław Kozłowski CM po raz drugi podjął posługę w Krakowie 1 września 1988 r. i do 1991 r. pełnił funkcję dyrektora kleryków Wyższego Seminarium Duchownego Księży Misjonarzy na Stradomiu.
W tych latach seminarium liczyło około siedemdziesięciu alumnów.
Ks. Mieczysław bardzo zaangażował się w formację kleryków. Będąc wielkim czcicielem Matki Bożej, założył przy kościele seminaryjnym Apostolat Maryjny. To była trudna i odpowiedzialna praca. Kształtowanie osobowości przyszłych kapłanów i misjonarzy jest najważniejszym zadaniem dla przyszłości Prowincji misjonarskiej.
Był bardzo dobrym wychowawcą i nauczycielem, a młodzi alumni znajdywali w nim wsparcie
i drogowskaz w podjętej decyzji wstąpienia na duchową drogę życia konsekrowanego.
Ks. Mieczysław nie tylko ukazywał czekające ich religijne aspekty posługi kapłańskiej, ale także uczył, że ewangelizować można podczas wspólnych aktywności pozakościelnych. Organizował wspólne wycieczki, spływy kajakowe i wyprawy górskie. Nade wszystko stawiał na dojrzałość i odpowiedzialność alumnów, wnosząc do wspólnoty wiele radości i optymizmu.
