20 czerwca 2003 roku ks. Mieczysław Kozłowski CM został proboszczem Parafii Matki Bożej Objawiającej Cudowny Medalik na Olczy w Zakopanem oraz superiorem wspólnoty księży. Z racji prowadzenia domu rekolekcyjno-wypoczynkowego przyjmował wielu duchownych na rekolekcje i na czas wypoczynku. Tysiącom pielgrzymów, którzy przybywali na Olczę, zapewnił opiekę duchową.  

W 2004 r. założył na Olczy Apostolat Maryjny i został jego opiekunem. Działalność Apostolatu organizował w taki sposób, by włączała się w nurt życia modlitewnego i wspólnotowego parafii. Był również opiekunem Parafialnego Regionalnego Zespołu Giewont, z którym w dniach 15 – 16 listopada 2003 r. udał się na pielgrzymkę do grobu św. Wojciecha w Gnieźnie, kolebce chrześcijaństwa w Polsce
i pierwszej stolicy Polski. Pielgrzymi zagościli w Domu Sióstr Miłosierdzia przy ul. Lecha w Gnieźnie. Zespół dał koncert w Miejskim Ośrodku Kultury z okazji 50-lecia istnienia Ośrodka i uczestniczył we Mszy św. w Kościele św. Trójcy, gnieźnieńskiej Farze. Następnego dnia Zespół uświetnił Mszę św. w Bazylice prymasowskiej Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny w Gnieźnie (zwanej także: archikatedrą gnieźnieńską lub sanktuarium św. Wojciecha).

24–25 lipca 2004 r. odbyło się  święto 90-lecia Parafii, odpust parafialny i święto Olczy. Obchody rozpoczęła Msza św. w intencji parafian i gości, po której otwarta została wystawa historyczna. Pierwszego dnia zgromadzeni mogli wysłuchać koncertu zespołu „Hajlandery”, parafialnego zespołu regionalnego „Giewont”, obejrzeć pokaz sprzętu i sprawności Straży Pożarnej i spotkać się z ludźmi z gór. Wieczór zakończyła wspólna zabawa dla Olczan i gości w szkolnej sali gimnastycznej. Drugie dnia uroczystą sumę odpustową wraz z procesją odprawił ks. bp. Jan Szkodoń. Piękny koncert zagrał zespół „Ecumenia” z Tarnowa i „Hajlandery”. Można było także obejrzeć pokaz Policji, wyjątkowych motocykli
i sztuk walki Jamabuszi. Uroczystości zakończyło nabożeństwo eucharystyczne z błogosławieństwem. 

29 maja 2005 r. ks. Mieczysław dziękował Bogu za dar kapłaństwa w 30-tą rocznicę święceń, które przyjął z rąk ks. biskupa Albina Małysiaka. W tym dniu wokół niego na wspólnej modlitwie zgromadzili się parafianie oraz jego przyjaciele z Warszawy, Gniezna i Wrocławia. 

Ks. Mieczysław zyskał szczególne uznanie miejscowego duchowieństwa, pełniąc funkcję wicedziekana dekanatu zakopiańskiego. Widząc potrzebę kultu maryjnego na Podhalu, podjął starania o oficjalne podniesienie świątyni olczańskiej do godności sanktuarium, która została jej nadana 7 grudnia 2008 r. dekretem ks. kard. Stanisława Dziwisza. Wyrazem wdzięczności za ogłoszenie sanktuarium Matki Bożej Objawiającej Cudowny Medalik była pielgrzymka śladami Sanktuariów Maryjnych, która odbyła się w dniach 16–25 kwietnia 2009 r.  

W lutym 2009 r. przy Parafii zostały zorganizowane ferie zimowe. Dzięki współpracy ze szkołą podstawową i gimnazjum dzieci i młodzież mogły korzystać z sali komputerowej i sali gimnastycznej. Podczas ferii odbyły się także zawody narciarskie. 

W międzyczasie, 26 marca 2009 r. ks. Mieczysław Kozłowski został radcą Prowincji Polskiej Zgromadzenia Księży Misjonarzy i pełnił tę funkcję do roku 2012. Został także członkiem Komisji Ekonomicznej.

29 sierpnia 2009 r. podczas letniego wypoczynku w Zakopanem ks. kardynał Józef Glemp, Prymas Polski nawiedził Sanktuarium. Po modlitwie u stóp olczańskiej Pani ks. Prymas zwiedził Sanktuarium podziwiając historię świątyni zawartą w witrażach. Następnie dokonał wpisu w kronice parafialnej życząc wszystkim posługującym w Sanktuarium, parafianom i wszystkim nawiedzającym to miejsce szczególnej opieki Niepokalanej Objawiającej Cudowny Medalik.

W historii parafii i sanktuarium ks. Mieczysław zapisał się także jako inicjator olczańskich comiesięcznych spotkań modlitewnych z Procesją Różańcową Światła, która po raz pierwszy odbyła się 27 lipca 2009 r. „Poprzez procesję Różańcową Światła ze świecami ku czci Najświętszej Marii Panny będziemy starali się budować duchowy pomost pomiędzy Sanktuarium MB Objawiającej Cudowny Medalik na Olczy, a sanktuariami świata, w których miłosierny Bóg nieustannie okazuje swą miłość do człowieka poprzez macierzyńskie serce i opiekę Niepokalanej Matki” – powiedział ks. Mieczysław podczas pierwszej procesji. 

Trudno wyliczyć wszystkie zasługi ks. Mieczysława dla rozwoju duchowego parafian, przybywających pielgrzymów, a także troski o stan materialny kościoła. Wyposażenie olczańskiej świątyni dzięki proboszczowi Mieczysławowi wzbogaciło się o nową figurę Matki Bożej w prezbiterium, napis z Cudownego Medalika „O Maryjo bez grzechu poczęta, módl się za nami, którzy się do Ciebie uciekamy”, cztery boczne drewniane ołtarze góralskie – św. Wincentego a Paulo, św. Józefa, św. Jana Pawła II oraz Miłosierdzia Bożego, a także góralską szopkę bożonarodzeniową z nowymi figurami.

W czasie trwania posługi ks. Mieczysława jako proboszcza oraz kustosza sanktuarium dokończone zostały witraże kościelne, ocieplono kościół watą szklaną, wybudowano zamykany konfesjonał, odnowiono zewnętrzny mur oporowy, wykonano konserwacje gontów na kościele, położono kostkę brukową przy kościele, przeprowadzono remont Domu Misyjnego. Wart wspomnienia jest również fakt, że w 2012 r. przy olczańskim sanktuarium stanął pomnik upamiętniający tragedię smoleńską i osoby, które zginęły w tej katastrofie 10 kwietnia 2010 r.

W dniach 8–12 kwietnia 2010 r. odbyła się parafialna pielgrzymka dziękczynna do Ostrej Bramy w Wilnie. Takie wyjazdy ks. Mieczysław chętnie organizował dla parafian. W przeciągu jego dziewięcioletniej posługi było ich wiele zarówno w kraju jak i za granicę. 

Wieczorem 20 listopada 2010 r. w towarzystwie banderii konnej przybyły do Sanktuarium MB Objawiającej Cudowny Medalik relikwie św. Wincentego i św. Ludwiki. Wraz z nimi przybyli misjonarze: ks. Jan Marek Kaczmarek CM i ks. Benedykt Flasiński CM, którzy w czasie Eucharystii na rozpoczęcie „Misji ze św. Wincentym” z rąk ks. proboszcza Mieczysława Kozłowskiego otrzymali stuły – symbol władzy kapłańskiej, duszpasterskiej w parafii. W trakcie Misji, podczas Mszy św. ks. Wizytator Polskiej Prowincji Zgromadzenia Misji Arkadiusz Zakręta wygłosił kazanie o św. Wincentym, jego działalności apostolskiej i poświęcił ołtarz św. Wincentego – dar kapłanów misjonarzy jako wotum wdzięczności w 350 rocznicę śmierci założyciela Zgromadzenia św. Wincentego a Paolo. Ołtarz wykonał zakopiański artysta rzeźbiarz Jan Karpiel. Misje zakończyły się 28.11.2010 r. 

Odchodząc na nową placówkę w Bydgoszczy ks. Mieczysław Kozłowski zostawił prężne, odnowione Sanktuarium, zjednoczonych wiernych – prawdziwie żywy Kościół. W sercach parafian zostawił trwały ślad swojej pracowitej postawy, skromności i pokory, a nade wszystko ogromnej wiary i miłości do Matki Bożej.